- Главная
- Журналы
- Актуальные статьи
- 2018
Н. П. Бабушкина, Е. Ю. Брагина, А. Ф. Гараева, И. А. Гончарова, А. А. Рудко, Д. Ю. Цитриков, Д. Е. Гомбоева, М. Б. Фрейдин
Валидация результатов полногеномных ассоциативных исследований туберкулеза у русских Западной Сибири
При развитии туберкулезной инфекции большую роль играет генетически опосредованная способность хозяина давать адекватный иммунный ответ на патоген. Полногеномные исследования ассоциаций, выполненные в различных популяциях, показали связь ряда хромосомных регионов с развитием туберкулеза (ТБ). Вместе с тем полная характеристика факторов генетической чувствительности к заболеванию остается пока нерешенной задачей, а выявленные ассоциации далеко не всегда повторяются при исследованиях в других популяциях. Проанализированы 45 однонуклеотидных полиморфных вариантов (SNP) у 768 человек, включая 323 больных туберкулезом и 445 здоровых индивидов. Анализ ассоциаций туберкулеза с генетическими маркерами проведен с помощью логистической регрессии. Для учета множественных сравнений использовали пермутации. Номинальная статистически значимая ассоциация с туберкулезом выявлена для двух SNP: rs 10515787 (интронный вариант гена EBF1) и rsl0956514 (интронный вариант гена ASAP1) (р = 0.005 и 0.049 соответственно); после проведения пермутационного теста сохранилась лишь одна из ассоциаций — для rs 10515787 (р = 0.003). Таким образом, у русских г. Томска подтверждена ассоциация rs10515787 в гене EBF1 с развитием туберкулеза. Однако результаты настоящего исследования определяют редкий аллель А как рисковый для развития ТБ, в то время как в более раннем исследовании он указан в качестве протективного в отношении риска развития туберкулеза. Выявленная “инверсия ассоциации” представляет собой интересный факт, требующий дополнительных исследований.
Ключевые слова:
туберкулез, однонуклеотидный полиморфный вариант (SNP), полногеномный анализ ассоциаций.
