- Главная
- Журналы
- Актуальные статьи
- 2017
Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузьмин, К. В. Крутовский
Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полигеномного de novo секвенирования
Данный выпуск журнала посвящен выдающемуся популяционному генетику Юрию Петровичу Алтухову, который много внимания в своих исследованиях уделял разработке молекулярно-генетических маркеров для популяционных исследований. За прошедшее время маркеры и методы их разработки претерпели существенные изменения. Благодаря современным методам полногеномного секвенирования стала возможной разработка маркеров очень широкого класса — как селективно-нейтральных, так и функциональных. Из них наиболее информативными, удобными, воспроизводимыми, относительно недорогими и полиморфными остаются по-прежнему микросателлитные локусы. Полногеномное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Данная статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для очень важного вида бореальных лесов — лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.). Из полученной сборки генома лиственницы были отобраны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с ди-, три-, тетра- и пен-тануклеотидными мотивами. Всего было протестировано 59 пар праймеров для локусов с динуклеотидными мотивами как наиболее изменчивых. Из них в конечном итоге были отобраны 11 пар для 11 локусов с динуклеотидными повторами, которые показали высокий уровень полиморфизма и могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для идентификации происхождения древесины и растительного материала.
Ключевые слова:
генетическое разнообразие, геном, гетерозиготность, лиственница сибирская, Larix sibirica, микросателлитные маркеры, полногеномное секвенирование.
