к Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полигеномного de novo секвенирования - «Академкнига»

Н. В. Орешкова, Ю. А. Путинцева, В. В. Шаров, Д. А. Кузьмин, К. В. Крутовский
Разработка микросателлитных маркеров лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.) на основе полигеномного de novo секвенирования

Рубрика: Генетика
Журнал: Генетика Том: 53 Номер: 11 Год: 2017

Данный выпуск журнала посвящен выдающемуся популяционному генетику Юрию Петровичу Алтухову, который много внимания в своих исследованиях уделял разработке молекулярно-генетических маркеров для популяционных исследований. За прошедшее время маркеры и методы их разработки претерпели существенные изменения. Благодаря современным методам полногеномного секвенирования стала возможной разработка маркеров очень широкого класса — как селективно-нейтральных, так и функциональных. Из них наиболее информативными, удобными, воспроизводимыми, относительно недорогими и полиморфными остаются по-прежнему микросателлитные локусы. Полногеномное секвенирование значительно облегчает их поиск и разработку. Данная статья посвящена разработке новых микросателлитных маркеров для очень важного вида бореальных лесов — лиственницы сибирской (Larix sibirica Ledeb.). Из полученной сборки генома лиственницы были отобраны несколько тысяч контигов, содержащих микросателлитные локусы с ди-, три-, тетра- и пен-тануклеотидными мотивами. Всего было протестировано 59 пар праймеров для локусов с динуклеотидными мотивами как наиболее изменчивых. Из них в конечном итоге были отобраны 11 пар для 11 локусов с динуклеотидными повторами, которые показали высокий уровень полиморфизма и могут быть использованы в различных популяционно-генетических исследованиях и для идентификации происхождения древесины и растительного материала.    
Ключевые слова: генетическое разнообразие, геном, гетерозиготность, лиственница сибирская, Larix sibirica, микросателлитные маркеры, полногеномное секвенирование.