к Локусы, влияющие на экспрессию антигенов HLA в участке 14-й хромосомы, ассоциированном с развитием рассеянного склероза, и функции расположенных в них генов - Издательство «Наука»

П. А. Быкадоров, Н. Ю. Опарина, М. В. Фридман, В. Ю. Макеев
Локусы, влияющие на экспрессию антигенов HLA в участке 14-й хромосомы, ассоциированном с развитием рассеянного склероза, и функции расположенных в них генов

Рубрика: Генетика
Журнал: Генетика Том: 53 Номер: 9 Год: 2017

Проанализировано распределение однонуклеотидных полиморфизмов (SNP), статистически ассоциированных с развитием рассеянного склероза (PC) в геноме человека, и найдены сегменты генома, обогащенные такими полиморфизмами. Как SNP, обнаруживающие такую ассоциацию, так и сцепленные с ними однонуклеотидные полиморфизмы, находящиеся в этих сегментах, во многих случаях являются локальными или дистальными eQTL (локусами, влияющими на экспрессию) для ряда генов, экспрессирующихся в крови или нервной системе. Для списков этих генов, отдельно для крови и для нервной системы, проанализирована обогащенность конкретными функциями. Оказалось, что основной функцией генов, избыточно представленной в обоих списках, является процессинг и презентация антигена с участием МНС II. Выборка SNP, генетически сцепленных с минимум тремя SNP, обнаруженными в исследованиях GWAS-ассоциаций, содержит eQTL для всех избыточно представленных функций. Эти SNP находятся в пределах короткого локуса на 14-й хромосоме, предположительно содержащего IGHGгены. SNP из этого локуса влияют на экспрессию генов HLA-DOB, HLA-DQA1, HLA-DQA2, HLA-DQB1 как в крови, так и в нервной системе. Полученные результаты, с нашей точки зрения, позволяют делать предположения о некоторых механизмах развития PC.
Ключевые слова: рассеянный склероз, GWAS, eQTL, избыточно представленные функции.